Disiplin di SMK Methodist (ACS) adalah terkawal. Sebenarnya masalah disiplin sering dilakukan oleh segelintir pelajar yang sama. Pelajar-pelajar ini datang daripada keluarga yang bermasalah, seperti ibu bapa bercerai, ibu atau kedua-duanya sudah meninggal, kekurangan kewangan dan keluarga yang langsung tidak peduli hal anak mereka.

Salahlaku yang melibatkan pelajar ini termasuk ponteng sekolah, ponteng kelas, cabut lari daripada sekolah selepas waktu rehat kedua, merokok, mencabar perintah pengawas atau guru, khususnya perempuan, mencuri, bergaduh dengan rakan, dan sering datang lewat ke sekolah.

Tindakan yang diambil oleh sekolah sememangnya mematuhi dan mengikuti peraturan-peraturan yang telah ditetapkan oleh Jabatan / Kementerian. Tindakan ini termasuklah memberikan amaran / teguran, merekodkan salahlaku dalam kad biru peribadi, merotan, kaunseling, gantung sekolah dan pecat sekolah. Yang malangnya ialah sesetengah ibu bapa yang dihubungi melalui telefon tidak kesampaian kerana nombor telefon yang diberikan adalah palsu. Sama juga dengan surat-menyurat. Kadang-kadang, surat yang dihantar tidak diterima oleh si penerima kerana enggan menerimanya atau salah alamat. Walau bagaimanapun, sesetengah ibu bapa bersikap positif dan datang ke sekolah untuk merunding dengan guru berkenaan.

Oleh kerana pelajar sekolah ini suka melepak di kawasan sekolah semasa pertukaran kelas atau ingin pergi ke tandas, pihak sekolah kini menggunakan sistem pas dimana setiap pelajar yang keluar mesti menunjukkan pasnya. Jika tidak, dia akan didenda.

Diharap apabila pagar dan pintu berdekatan rumah pangsa dibaiki, bilangan pelajar yang cuba ingin cabut lari dapat dikurangkan. Dari segi pengawasan, pihak sekolah sudah menganjurkan kursus peningkatan kepimpinan pengawas bertujuan untuk bertambah ilmu dan kemahiran pengawas untuk menjalankan tugas dengan lebih keyakinan. Setiap guru juga diberikan surat menurun kuasa oleh pengetua kepada guru untuk merotani pelajar. Kerjasama dengan pihak polis juga dipereratkan lagi untuk mengawal aktiviti gangsterisme di kalangan pelajar.